Tanımlanmış Lactobacillus plantarum suşlarının plazmit profilleri ve bunların bazı özelliklerinin belirlenmesi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Süleyman Demirel Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Gıda Mühendisliği Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2013
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Hidayet Sağlam
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Aynur Gül KARAHAN ÇAKMAKÇI
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışmada, dışkı kökenli 20 adet L. plantarum suşunun ve kıyaslama amacıyla 2 adet referans suşun (L. plantarum LMG 21677 ve L. plantarum LMG 21684) karbonhidrat fermantasyon ve antibiyotik direnç özelliklerinin plazmitlerle ilişkisi incelenmiştir. Karbonhidrat fermantasyon testi sonuçlarına göre, tüm suşların L. plantarum'a özgü nitelikleri taşıdığı belirlenmiştir. Tüm suşların duyarlı olduğu antibiyotikler, eritromisin (15 µg), penisilin (10 U), kloramfenikol (30 µg) ve tetrasiklindir (30 µg). Buna karşılık suşlar vankomisin (30 µg) ve kanamisine (30 µg) dirençlidir. Referans suşlardan LMG 21677 tetrasikline, LMG 21684 ise tetrasiklin ve eritromisine dirençlidir.Klasik yöntemle ve ticari kit kullanılarak referans ve doğal suşların plazmit DNA profilleri çıkarılmıştır. Klasik yöntemle çıkarılan plazmit DNA profillerinin incelenmesi sonucunda; suşların 2'sinde plazmit DNA'ya rastlanmazken, diğer suşlarda 1?3 adet, değişen büyüklüklerde (16, 14, 12, 10 ve 8 kb) plazmit DNA belirlenmiştir. Ticari kitle yapılan izolasyon çalışması ile 20 adet suşun 1?4 adet plazmit DNA içerdiği, bu plazmitlerin molekül ağırlıklarının ise 16, 12, 10, 7 ve 6 kb olduğu tespit edilmiştir. Plazmitlerin taşıdığı özelliklerin belirlenmesi amacıyla akriflavin (10?200 µg/ml), novobiyosin (0,125?40 µg/ml), yükseltilmiş sıcaklıkta inkübasyon (43°C) ve yapay mide sıvısı (pH 2, 2,5, 3) uygulamaları ile plazmit giderim çalışması yapılmıştır. Uygulama parametreleri suşa bağlı olarak değişkenlik göstermiştir. Akriflavin uygulamasında 20?100 µg/ml'lik, novobiyosinde ise 8?40 µg/ml'lik düzeyler plazmitlerin gideriminde etkili olmuştur. Plazmit giderimi açısından yükseltilmiş sıcaklıkta inkübasyonun 48 saat uygulanması 24 saat uygulanmasından daha etkili sonuç vermiştir. Yapay mide sıvısında ise pH 2,5'te 90 dakika, pH 3'te 90 ve 180 dakika bekletme sonucunda suşların canlılığını koruduğu ve bazı plazmitlerini yitirdiği gözlenmiştir. Ancak pH 2'de 90 ve 180 dakika bekletme sonucunda suşların tamamen canlılığını kaybettiği belirlenmiştir. LMG 21677'nin pH 3'te 90 dakika bekletilmesinden sonra elde edilen mutantların %99'u tetrasiklin plazmidini kaybetmiştir. Aynı koşullarda LMG 21684 suşu mutantlarının %70'i tetrasikline direnç plazmidini ve %53'ü eritromisine direnç plazmidini yitirmiştir. Tüm uygulamalar suşlarda plazmit DNA kaybına yol açarken, bazı mutantlarda yeni plazmitlerin varlığı da belirlenmiştir.Bütün plazmitleri giderilmiş AB16?65, AK7?35, AK4?11 ve BK10?48 ile doğal suşların karbonhidrat fermantasyon özellikleri ve antibiyotik direnç özellikleri karşılaştırılmıştır. Elde edilen bulgular, mutant ve doğal suşlar arasında karbonhidrat fermantasyon ve antibiyotik direnç özellikleri açısından herhangi bir farklılık olmadığını göstermiştir.Çalışmada kullanılan suşlar, probiyotik ve başlatıcı kültür olarak kullanılabilme açısından üstün özelliklere sahiptir. Bu nedenle içerdikleri plazmitlerde önemli bazı özelliklerin kodlanmış olması kaçınılmazdır. Suşların ticari kullanımından önce bu özelliklerin belirlenmesi ve plazmitlerin yitirilmesinin önlenmesi gerektiği sonucuna varılmıştır.Anahtar Kelimeler: L. plantarum, plazmit, akriflavin, novobiyosin, yükseltilmişgelişme sıcaklığı, yapay mide sıvısı.