Bazı laktobasil suşlarının genetik tanısının yapılması ve faj dirençliliklerinin belirlenmesi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Süleyman Demirel Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Gıda Mühendisliği Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2009
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Gülden Başyiğit Kılıç
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Aynur Gül KARAHAN ÇAKMAKÇI
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışmada insan dışkı örneklerinden izole edilmiş ve probiyotik olma özelliklerinden bazıları test edilmiş laktik asit bakterilerinin 16S rRNA dizi analizleri ile tanımlamaları gerçekleştirilmiştir. Genetik tanının yanı sıra Fourier Transform Infrared (FTIR) Spektroskopi yönteminin uygulanabilirliği ve izolatların teknolojik açıdan üretime elverişliliğinde faj dirençlilik özellikleri araştırılmıştır.Araştırma sonucunda tanısı gerçekleştirilen 116 adet laktik asit bakterisinin 16S rRNA dizi analizlerine göre 2 farklı cins ve 4 farklı türe ait olduğu belirlenmiştir. Bakterilerin 21 adedi Lactobacillus plantarum, 15 adedi L. fermentum, 79 adedi Enteroccoccus faecium ve 1 adedi E. durans olarak adlandırılmıştır.FTIR ile tanı amacıyla ise 21 adet L. plantarum, 15 adet L. fermentum, 25 adet E. faecium kullanılmıştır. FTIR okumaları 4000-450 cm-1 bölgelerinde gerçekleştirilmiştir. Absorbans değerleri 4000-450, 3000-2700 ve 1600-800 cm-1 olmak üzere üç farklı gruba ayrılarak, varyans, kümeleme ve adımsal tanımlama analizi ile değerlendirilmiştir. Araştırma sonucunda, FTIR spektroskopisinin L. plantarum, L. fermentum ve E. faecium'un tanısında başarı ile kullanılabileceği belirlenmiştir.Faj çalışmalarında ise öncelikle lizogenik suşların belirlenmesi amacıyla Mitomisin C ve UV ile laktobasil suşlarına indüksiyon uygulanmıştır. Mitomisin C indüksiyonu 0,2 ve 0,5 µg/ml konsantrasyonlarla denenmiştir. Yapılan araştırmada indüklenen bakterilerde lizogeni gözlemlenmemiştir.Litik fajların izolasyonu için turşu, siyah zeytin salamurası, peynir ve yoğurt kültürü, çiğ süt, ekşi hamur, ahır toprağı, göl ve deniz suyu, kanalizasyon örneği ve sağlıklı birey gaytası olmak üzere toplam 58 farklı örnek kullanılmıştır. Ekşi hamur dışındaki örnekler için 6 adet L. plantarum ve 6 adet L. fermentum, ekşi hamur örnekleri için ise 15 adet L. fermentum kullanılmıştır. Ancak izolasyon materyali olarak kullanılan örneklerde litik faja rastlanmamıştır.