MICROBIOLOGICAL DIAGNOSIS OF SARS-COV-2 INFECTION

Şirin M. C. , Sesli Çetin E., Arıdoğan B.

SDÜ Tıp Fak Derg, vol.1, no.özel sayı, pp.137-145, 2021 (Peer-Reviewed Journal)

  • Publication Type: Article / Review
  • Volume: 1 Issue: özel sayı
  • Publication Date: 2021
  • Doi Number: 10.17343/sdutfd.906925
  • Journal Name: SDÜ Tıp Fak Derg
  • Journal Indexes: EBSCO Education Source
  • Page Numbers: pp.137-145
  • Süleyman Demirel University Affiliated: Yes

Abstract

The Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) pandemic,
which began in China in December 2019 and affected
the whole world in a very short time, has become
one of the most serious global health problems
to date. In this process, timely and correctly applied
microbiological diagnostic tests have been an important
part of the epidemic and case management.
Since the beginning of the pandemic, real-time reverse
transcriptase-polymerase chain reaction (RTPCR),
which has been developed to detect ‘‘severe
acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSCoV-
2)’’ RNA in respiratory tract samples, is the most
widely used diagnostic method. The detection of the
virus RNA by RT-PCR provides the definitive diagnosis
of COVID-19 disease, but a negative test result
does not exclude the possibility of infection. In clinically
suspicious cases, repeated samples should be
taken within 24-48 hours and lower respiratory tract
samples should be preferred for diagnosis in patients with severe pulmonary signs. The use of lowcost
and easy-to-apply rapid antigen tests is limited
to the acute phase of the disease when viral load is
high. Due to sensitivity and specificity problems, the
antigen test results should be confirmed by RT-PCR
tests. Antibody tests indicate the exposure to the virus.
Antibody tests should not be used alone in the
diagnosis of the disease in acute phase, because the
antibody response of the patients against the virus is
variable and late. Antibody tests, which are performed
on the blood samples taken 2-3 weeks after the onset
of symptoms, can be used as additional tests to
aid molecular diagnosis. In this review, the features,
clinical advantages and limitations of the methods
used in the microbiological diagnosis of SARS-CoV-2
infection are discussed in line with the obtained data
to date.

Aralık 2019’da Çin’den başlayarak çok kısa bir süre

içerisinde tüm dünyayı etkisi altına alan Coronavirus

Disease 2019 (COVID-19) pandemisi, bugüne kadar

görülen en ciddi küresel sağlık sorunlarından biri haline

gelmiştir. Bu süreçte, zamanında ve doğru uygulanan

mikrobiyolojik tanı testleri, salgının ve vaka

yönetiminin önemli bir parçası olmuştur. Pandeminin

başlangıcından itibaren solunum yolu örneklerinde

‘‘severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

(SARS-CoV-2)’’ RNA’sını saptamaya yönelik olarak

geliştirilen gerçek zamanlı ters transkriptaz-polimeraz

zincir reaksiyonu (RT-PCR), en yaygın kullanılan tanı

yöntemidir. RT-PCR ile virüs RNA’sının gösterilmesi

COVID-19 hastalığının kesin tanısını sağlamakla birlikte

negatif test sonucu enfeksiyon olasılığını dışlamaz.

Klinik şüpheli olgularda 24-48 saat arayla tekrarlayan

örneklerin alınması ve ciddi akciğer bulguları

olan hastalarda tanı için alt solunum yolu örneklerinin

tercih edilmesi gereklidir. Düşük maliyetli, uygulanması

kolay ve hızlı sonuç alınabilen antijen testlerinin kullanımı,

viral yükün yüksek olduğu hastalığın akut evresi

ile sınırlıdır. Duyarlılık ve özgüllük sorunlarından

dolayı antijen testleriyle elde edilen sonuçların RTPCR

testleri ile doğrulanması gerekir. Antikor testleri,

virüs ile karşılaşılmış olduğunu gösterir. Hastaların

virüse karşı antikor yanıtının değişken ve geç olması

nedeniyle antikor testleri, akut dönemde hastalığın

tanısında tek başına kullanılmamalıdır. Semptomların

başlangıcından 2-3 hafta sonra alınan kan örneklerinde

çalışılan antikor testleri moleküler tanıya yardımcı

ek test olarak kullanılabilir. Bu derlemede, günümüze

kadar elde edilen veriler doğrultusunda SARS-CoV-2

enfeksiyonunun mikrobiyolojik tanısında kullanılan

yöntemlerin özellikleri, klinik açıdan sağladıkları avantajlar

ve kısıtlı yönleri tartışılmıştır.