Dodesilguanidin Molekülünün Moleküler Elektrostatik Potansiyeli Ve Dna İle Etkileşimi: Teorik Çalışma

6th International Conference on Recent Academic Studies, Konya, Türkiye, 27 - 28 Ocak 2026, ss.95, (Özet Bildiri)

Bu çalışmada, Dodesilguanidin molekülünün optimize edilmiş hali Gaussian09 programı

kullanılarak hesaplanmıştır. Hesaplamada DFT- B3LYP/6311G++(d,p) temel seti kullanılmıştır. Böylece

molekül geometrisine ait bağ uzunlukları ve bağ açı değerleri elde edilmiştir. Hesaplamalarda en uzun

bağın C4-C5 ve C5-C7 (1.533 Å) arasındaki bağa, en kısa bağların ise N-H (1.014 Å) atomları arasındaki

bağa ait olduğu hesaplanmıştır. Moleküldeki en büyük (N1-C16-N2) ve en küçük (H19-C5-H20) bağ açısı

değerleri sırasıyla 127,86 ve 106,29° dir. Moleküler elektrostatik potansiyel (MEP) Yüzey analizi yapılarak

MEP haritası ve Mülliken yük dağılımları elde edilmiştir. Böylece molekülün elektron yoğunluğunun fazla

ve eksik olan bölgeleri görüntülenmiştir. Ek olarak Mülliken yük dağılımları -4,513e-2 a.u. ve 4,513e-2 a.u.

aralığında değiştiği hesaplanmıştır. Ardından moleküler kenetlenme yöntemi Autodock Vina programı

kullanılarak DNA ile kimyasal etkileşimi hesaplanmıştır. En iyi bağlanma afinite değeri -4,8 kcal/mol

olarak hesaplanmıştır. DiscoveyStudio programı kullanılarak dodesilguanidin molekülü ile DNA

arasındaki etkileşimin 2D görüntüsü elde edilmiştir. Bu görüntüye göre dodesilguanidin molekülü ile DNA

arasında hidrojen bağı, istenmeyen donör-donör etkileşimi ve van derWaals etkileşimleri gözlenmiştir.

Hidrojen bağlarının oluştuğu bölge MEP haritasında gözlenen elektron yoğunluğunun çok ve eksik olduğu

bölgeler olduğu, diğer kimyasal etkileşimlerin ise molekülün farklı yerlerinde gerçekleştiği görülmüştür.

Böylece dodesilguanidin molekülünün moleküler elektrostatik potansiyel (MEP) yüzey analizi ve DNA ile

etkileşimi bütüncül bir şekilde teorik olarak açıklanmaya çalışılmıştır.